Фамилия Ковышкин — одна из тех, где корень на первый взгляд кажется прозрачным, а при ближайшем рассмотрении даёт несколько вариантов. Самое очевидное, что приходит в голову, — связь со словом «ковылять». В русских говорах «ковылять» значит ходить вразвалку, прихрамывать, переваливаться с ноги на ногу. Отсюда легко могло возникнуть прозвище Ковы́шка — человек с характерной походкой, хромой или просто неуклюжий.

Но есть и вторая, менее заметная версия. В некоторых диалектах «ковы́шка» — это небольшой колышек, затычка, деревянный гвоздь. Прозвище могли дать мастеровому, который делал такие колышки, или человеку низкорослому, коренастому — «крепкому, как ковышек». Здесь корень тот же, что в слове «ковырять»: ковырять — делать отверстие, долбить. Так что Ковышкин мог быть и плотником, и бондарем, и просто обладателем крепкой фигуры.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: сын Ковышки. Это типичная модель для северных и центральных русских областей, где фамилии на -ин распространены так же широко, как на -ов. В южных регионах и в Белоруссии тот же корень дал бы форму Ковышко или Ковышенко.

Стоит упомянуть, что фамилия редкая и нечастотная. В дореволюционных справочниках и переписях она почти не мелькает, что говорит о её локальном происхождении — скорее всего, из одной-двух деревень, где закрепилось прозвище. В ономастических словарях (например, у Б. Унбегауна) подобные фамилии разбираются именно через диалектные значения корня «ковыш-», без однозначного приоритета одного из них.

Таким образом, Ковышкин — это фамилия-прозвище, образованная от внешней черты или ремесла. Какая из версий верна для конкретного рода, без генеалогического поиска не узнать, но обе по-своему точны и обе — про человека, который чем-то выделялся среди соседей.