Фамилия Ковылкин — яркий пример того, как за привычной фамилией могут стоять две совершенно разные истории. Первая и самая вероятная версия связывает её с географией. В основе лежит название села Ковылка Кирсановского района Тамбовской области. Когда-то на месте этого села простиралась ковыльная степь, поэтому имя поселению дала трава ковыль. Жителя или уроженца Ковылки в старину и прозвали Ковылкиным. Такая модель образования фамилий по названию места жительства была очень распространена: человек переезжал в другой город, и за ним закреплялось прозвище по родной деревне.

Вторая версия отталкивается от прозвища Ковылка, связанного с глаголом «ковылять» — ходить прихрамывая, припадая на ногу. Если предок получил такое прозвище, оно указывало на характерную походку. Обе гипотезы имеют право на существование, и без точных генеалогических записей определить, какая из них верна для конкретной семьи, можно только по косвенным данным — например, по тамбовским корням рода.

Словообразовательная модель фамилии проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Ковылкин — «сын или потомок Ковылки». В русских фамилиях суффикс -ин обычно присоединялся к основам на -а/-я, что и произошло с прозвищем Ковылка. Стоит обратить внимание, что фамилия не имеет дворянского суффикса -ский, что типично для крестьянских и мещанских родов центральной России. По сравнению с родственными фамилиями — Ковыльников (от названия растения) или Ковылев (от прозвища по степи) — Ковылкин звучит более конкретно и привязано либо к одному селу, либо к одному человеку с дефектом походки.