Фамилия Кожоканова образована от мужской формы Кожокан, которая, скорее всего, является составной. В основе лежат два компонента: тюркское слово «кожа» (в разных диалектах — «господин», «хозяин», «наставник», а также почтительное обращение к старшему или знатоку) и имя собственное Кан (хан — «правитель», «владыка»). Таким образом, Кожокан буквально означает «господин-хан» или «почтенный хан». Это типичная для тюркских народов модель образования сложных имен, где первая часть уточняет или усиливает вторую.

Суффикс -ов- в окончании указывает на принадлежность: Кожоканова — дочь или жена Кожокана. Такая модель фамилий широко распространена у народов Кавказа и Поволжья, испытавших тюркское влияние. Фамилия встречается в среде балкарцев, карачаевцев, ногайцев, а также у некоторых групп кумыков и казахов. В русских документах фамилия могла закрепиться в XIX веке при переписях населения, когда прозвище или отчество записывали как родовое имя.

Интересная деталь: фамилия Кожоканова не является «чисто» аристократической, несмотря на компонент «хан». В тюркской ономастике слово «хан» часто добавляли к имени не в значении реального правителя, а как пожелание или уважительный эпитет. Поэтому предки носителей фамилии могли быть уважаемыми старейшинами, религиозными наставниками или просто людьми, пользовавшимися авторитетом в своей общине.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Кожоканова стоит в одном ряду с Кожанов, Кожахметов, Кожабергенов. Но именно двусоставная форма с «ханом» встречается реже, что делает фамилию узнаваемой среди кавказских и тюркских родов.