Фамилия Кожубаев — звонкий пример того, как тюркское имя, прозвище и русский суффикс скрестились в одну фамильную форму. Её основа — тюркское слово «кожубай», которое состоит из двух частей: «кожу» (кожа, шкура, кожевенное сырьё) и «бай» (богач, хозяин, господин). Прямое значение прозвища — «кожевенный богач» или «хозяин кожевенного дела». Вряд ли это было имя при крещении — скорее, социальная характеристика: так могли прозвать зажиточного скорняка, торговца кожей или владельца мастерской по выделке шкур.

Фамилия образована по стандартной для юга России и Поволжья модели: к тюркской основе добавили русский патронимический суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного). Получается, что Кожубаев — это буквально «сын Кожубая». Встречается фамилия в основном у казахов, башкир и татар, а также у русских, чьи предки жили в зоне активных тюрко-славянских контактов — в Оренбуржье, Астраханской области, на Урале.

Интересно, что в казахском языке есть родственное имя Кожубай, которое до сих пор бытует как личное, а в русской среде оно перешло в фамилию без изменений. Встречаются варианты написания: Кожубаев и реже Кожубайев — второй отражает попытку сохранить исходное произношение. Сравните с однокоренными фамилиями Кожевников (от ремесла) и Кожухов (от прозвища Кожух) — все они вышли из одного смыслового гнезда, но Кожубаев стоит особняком, потому что указывает не на занятие, а на социальный статус человека при этом занятии.