Фамилия Коржубаев — редкий случай, когда корень, скорее всего, тюркский, а суффикс — русский. Основа «Коржуб» не имеет ничего общего с украинским «корж» (лепёшка). Вероятнее всего, перед нами сложное имя или прозвище, где «кор» (или «кур») в тюркских языках означает «слепой», «глухой» или «бедный», а «жуб» — искажённое «жүп» (пара, чета) либо «жұба» (утешение, спутник). Получается примерно «слепой спутник» или «бедный товарищ» — такие прозвища давали не в обиду, а как оберег.

Суффикс «-ев» указывает на то, что фамилия формировалась уже в русской среде, скорее всего, на южных или восточных границах расселения казачества, где тюркские имена переоформляли по русскому образцу. Первый носитель, Коржуб, мог быть выходцем из казахских, башкирских или ногайских земель, принявшим православие или просто служившим в казачьем войске. Фамилия закрепилась за его потомками как «сын Коржуба» — Коржубаев.

Географически фамилия привязана к Оренбуржью, Уралу и северному Казахстану. В дореволюционных метрических книгах Оренбургской губернии она встречается среди казаков и крестьян, но никогда не была массовой. Это фамилия одной локальной группы, не разошедшаяся широко по России.

Интересно, что фамилия избежала типичной для тюркских основ замены «-ев» на «-ов» — у неё нет варианта «Коржубаев» через «а»? Нет, именно «-ев» здесь закономерен: основа на мягкий согласный (жуб), поэтому окончание «-ев», а не «-ов». В этом её отличие от, скажем, фамилии Коржов (от той же лепёшки) или Куржупов (с другим суффиксом).