Фамилия Коржуев образована от прозвища или мирского имени Коржуй. Основа здесь не самая прозрачная, и на этот счёт есть две основные версии, причём одна из них заметно убедительнее другой.

Первая и главная версия связывает фамилию с диалектным словом «корж» — так в южных и центральных областях России называли сухую лепёшку из пресного теста, родственную современному коржику. Если принять эту основу, то Коржуй — это человек, который печёт коржи, либо, что вероятнее, любитель их поесть. Суффикс -уй в русских прозвищах встречается нечасто, но он характерен для южнорусских говоров и придаёт слову сниженный, фамильярный оттенок (сравните: «дедуй», «злодей» в народном произношении). Так могли прозвать хлебосольного, плотного или простоватого мужика.

Вторая версия, менее популярная, возводит Коржуя к тюркскому имени или прозвищу. В казахском и башкирском языках есть слово «коржын» — перемётная сума, а «коржуй» могло означать «сумчатый» или «торговец с перемётными сумками». Однако эта гипотеза слабее: во-первых, в русских документах XVII–XVIII веков фамилия Коржуев фиксируется именно в тех регионах, где пекли коржи (Курская, Воронежская, Тамбовская губернии), а во-вторых, тюркское влияние там было не настолько сильным, чтобы породить такую фамилию массово.

Фамилия Коржуев — пример редкой словообразовательной модели. Обычно от слова «корж» возникали фамилии Коржов и Коржиков, а вариант с суффиксом -уев — локальная особенность. По сути, это отчество от прозвища, которое отвечало на вопрос «чей сын?» — сын Коржуя. В современной России фамилия встречается нечасто, но не исчезла окончательно: её носители живут в центральном Черноземье и на юге Урала, что косвенно подтверждает и «лепёшечную», и «тюркскую» версии — регионы пересекаются. Однако первая версия остаётся основной, поскольку она проще и лучше вписывается в русскую антропонимическую традицию.