Фамилия Коржунова — женская форма фамилии Коржунов, а та, в свою очередь, образована от прозвища или мирского имени Коржун. Спектр значений этого исходного слова широк, и единого мнения о его происхождении нет, но можно выделить несколько правдоподобных версий.

Первая связывает прозвище с прилагательным «коржавый» — неказистый, низкорослый, шершавый. Так могли прозвать человека за небольшой рост, худобу или, возможно, за грубоватую внешность. Вторая версия отталкивается от существительного «коржава» — ржавчина или ржавое болото. В этом случае прозвище могло указывать на цвет: рыжие волосы, как ржавчина, или на неопрятность.

Третья версия — «профессиональная». В западных областях России «корж» — это пресная лепешка на сале, которую брали в дорогу. Соответственно, Коржуном могли прозвать пекаря или того, кто торговал такой выпечкой. Интересно, что в Сибири слова «корж» и «коржак» означали иней и изморозь. Отсюда — ещё одно значение: мирское имя Коржун могли дать ребёнку, родившемуся в морозный день, чтобы защитить его или отметить событие.

Какую из версий считать основной — вопрос открытый. Скорее всего, в разных родах Коржуновых прозвище возникло независимо и по разным причинам. Суффикс -ун в основе (Корж-ун) типичен для русских прозвищ, характеризующих человека по действию или качеству (крикун, молчун). Фамилия закрепилась в форме притяжательного прилагательного с суффиксом -ов, отвечающего на вопрос «чей?»: сын Коржуна. Таким образом, Коржуновы — это потомки человека по прозвищу Коржун, кем бы он ни был: низкорослым, рыжим, пекарем или рождённым в мороз.