Фамилия Коржукова (и её мужская форма Коржуков) ведёт начало от прозвища Коржук, а оно, скорее всего, связано с прилагательным «коржавый». Словарь В. И. Даля даёт этому слову два основных значения: «сморщенный, жёсткий» и «заморенный, неказистый, вялый». В первом случае прозвище могло характеризовать внешность или суровый, сдержанный нрав человека — отсюда и «коржавый» как жёсткий и серьёзный. Во втором случае, если имелся в виду «недорослый» или «вялый», прозвище могло выполнять охранительную функцию: родители нарекали ребёнка Коржуком, чтобы обмануть злых духов и отвести от него порчу. По народным поверьям, «плохое» имя делало дитя незаметным для нечистой силы, и в реальности мальчик вырастал здоровым и крепким.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ук (или -юк) характерен для украинских, белорусских и южнорусских прозвищ, он указывал на лицо по характерному признаку (ср. Малый — Малюк, Сухой — Сухоруков). Фамилия образована по стандартной русской модели на -ов: Коржук → Коржуков, то есть «сын Коржука». География фамилии тяготеет к южнорусским и украинским областям, где суффикс -ук встречается особенно часто. Встречаются и однокоренные фамилии — Коржавый, Коржаков, Коржухин, но Коржуков выделяется именно прозвищной основой с уменьшительным или характеризующим суффиксом.