Фамилия Крапетуз — редкий случай, когда основа слова не имеет очевидных параллелей в русском языке. Если отбросить типичный фамильный суффикс -ов, остаётся корень «крапетуз», который не встречается в словарях как нарицательное слово. Это сразу указывает на то, что перед нами либо сильно искажённое заимствование, либо местное прозвище, застывшее в письменной форме.

Наиболее правдоподобная версия отсылает к украинскому или южнорусскому диалектному слову «крап» — крапинка, пятно, рябь. В таком случае «крапетуз» могло быть прозвищем рябого человека или того, у кого лицо было в веснушках. Суффикс -уз- в русских фамилиях нехарактерен, но встречается в южнославянских и западнославянских языках, где -uz может быть уменьшительным или пренебрежительным окончанием. Вероятно, фамилия формировалась на пограничных территориях (Белоруссия, Украина, юг России) под влиянием польского или белорусского говора, где «крап» дало «крапетуз» — «рябой малый» или «пятнистый».

Менее убедительна версия о связи с тюркскими корнями. В некоторых тюркских языках есть слово «керпе» — ёж, но превращение его в «крапетуз» фонетически сложно. Также не подтверждается гипотеза о происхождении от немецкого Krapp — марена (растение для красной краски) — из-за отсутствия документальных следов немецких переселенцев с такой фамилией.

Фамилия не попала в основные ономастические справочники (Унбегаун, Никонов), что говорит о её локальном бытовании. В современных базах данных носители Крапетузов встречаются в основном в Краснодарском крае и Ростовской области — регионах, где смешивались украинские, русские и казачьи говоры. Это косвенно подтверждает диалектную, южнорусскую природу фамилии.

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия оформилась как отчество: «сын Крапетуза». Прозвище Крапетуз, скорее всего, было дано по внешнему признаку — пятнистой или веснушчатой коже. Поскольку фамилия не получила широкого распространения, предок-носитель прозвища, вероятно, был крестьянином или казаком, не оставившим письменных следов в дворянских родословных.