Фамилия Крапенко — яркий пример украинской модели фамилии с суффиксом -енко, который в XVI–XVII веках был не столько родовым, сколько патронимическим: он указывал на сына или потомка человека по прозвищу Крап. В буквальном смысле Крапенко — «сын Крапа». Суффикс -енко до сих пор остаётся самым узнаваемым маркером украинского происхождения фамилии, хотя впоследствии такие фамилии распространились и на южнорусских территориях, особенно в Слобожанщине и на Кубани.

Основа фамилии — прозвище Крап. Его могли дать человеку по нескольким причинам. Самая прямая — внешность: «крап» (или «крапина») означает пятно, точку, рябину. Так могли назвать веснушчатого, конопатого человека или того, у кого на лице была заметная родинка. Второй вариант — связь с растением «крапива», хотя в говорах чаще встречается форма «кропива». Третья, менее очевидная версия — от глагола «крапать» (моросить, капать), но прозвище по погодным явлениям давали редко, и эта гипотеза слабая. Наиболее правдоподобной остаётся первая: прозвище по внешнему признаку.

В украинской ономастике фамилия Крапенко не уникальна — есть однокоренные Крап, Крапка, Краповий. Но именно форма с -енко привязывает её к конкретной эпохе, когда такие фамилии массово фиксировались в реестрах запорожских казаков и в переписях Гетманщины. Если предки носили фамилию Крапенко, велика вероятность, что они происходили из казацкой среды или из крестьян центральной и левобережной Украины.

Социальный состав носителей фамилии был пёстрым: от рядовых казаков до мещан, но аристократической или дворянской эта фамилия не была — суффикс -енко в старину указывал на «младшего» или «сына», а не на владельца герба. Встречаемость фамилии сегодня — преимущественно в Украине, а также в России и Беларуси, куда она попала с миграциями XIX–XX веков. Никаких легендарных или знаменитых носителей, вошедших в историю, за фамилией не закрепилось, что типично для прозвищных патронимических фамилий: они рассказывают не о громких событиях, а о бытовой наблюдательности, с которой предки дали человеку имя по одной приметной черте.