Фамилия Крапонин — редкий случай, когда основа угадывается не сразу, а приглядевшись, вызывает вопрос: что за «крапон»? Самая вероятная версия ведёт к диалектному слову «крапать» — делать что-то понемногу, капать, а также красить в крапинку. В русских говорах «крапоня» могли назвать человека медлительного, который делает дело с перерывами, «капает», или же того, кто занимался крашением ткани в мелкий горошек, в крапинку. Такое прозвище мог получить либо неспешный работник, либо ремесленник-красильщик, набивавший узор на холст.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Крапонин — сын Крапони. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а/-я. В этом плане фамилия стоит в одном ряду с Крапивиным или Красильниковым, но её основа гораздо уже и локальнее.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает фамилию с забытым личным именем Крапон — уменьшительной формой от канонического имени Кронид (от греч. «хронос» — время). Однако в святцах такое сокращение не зафиксировано, и прозвищное происхождение выглядит убедительнее.

Встречаемость фамилии крайне низкая, она не входит даже в число распространённых фамилий средней полосы. Скорее всего, её носители — потомки крестьян или ремесленников из северных или центральных губерний России, где диалектное слово «крапоня» могло бытовать. В дореволюционных источниках фамилия не прослеживается в дворянских родословных книгах, что подтверждает её простонародный корень.

Для носителя фамилии Крапонин ключевая зацепка — региональный говор. Если предки родом из Ярославской, Вологодской или Костромской областей, версия с «крапаньем» и крапинкой становится почти доказанной.