Фамилия Крапонина — женская форма, а её мужской вариант — Крапонин. Она образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: в основе лежит прозвище или имя Крапоня, а сама фамилия буквально означала «сын Крапони» или «человек из семьи Крапони».

Ключ к происхождению — слово «крапина». В русских говорах так называли не только точку, пятнышко, но и человека с рябым лицом, веснушками или следом от оспы. Прозвище Крапоня могли дать именно за такую внешность. Менее вероятная, но возможная версия — связь с глаголом «крапать» (капать, моросить) или с названием растения крапива, но в этом случае ожидалась бы форма Крапивин, а не Крапонин.

Фамилия редкая и локальная. По данным открытых источников, основное ядро носителей сосредоточено в Вологодской и Архангельской областях, что типично для прозвищ, закрепившихся в северных говорах. Встречаются также варианты написания через «о» — Крапонина, и через «а» — Крапанина, что отражает диалектное аканье.

С точки зрения социальной истории, Крапонины, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Фамилия не дворянская и не купеческая, её основа — бытовое прозвище, а не каноническое имя. В документах XVII–XVIII веков такие фамилии фиксировались в писцовых книгах Русского Севера, но за давностью лет точных имен первых носителей назвать нельзя.