Фамилия Капонина — женская форма от Капонин, и её разумно разбирать через мужской вариант. Основа — «Капон» или «Капона», а суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — «Капонин», то есть сын или потомок человека с прозвищем Капон. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от личных имён, прозвищ или названий профессий. Суффикс «-ин» присоединялся к основам на -а, -я, в отличие от «-ов» для основ на согласный.

Самая прямая версия: прозвище Капон или Капона могло быть связано с профессией. В русских говорах «капон» — это каплун, то есть холощёный петух, которого откармливали на мясо. Соответственно, Капоном могли прозвать птицевода, торговца птицей или просто человека, который держал много каплунов. В ономастике это типичный случай, когда фамилия отражает род занятий предка, как Скорняков или Кузнецов. Подтверждение этой версии — существование однокоренных фамилий Каплунов, Каплуновский, которые явно восходят к тому же корню.

Менее вероятная, но допустимая гипотеза: связь с итальянским словом «capone» (большая голова, упрямец) или с французским «capon» (трус, хитрец). Однако для русской фамилии такие заимствования маловероятны, если только предки не были выходцами из западных регионов или не служили в армии, где могли подхватить иностранное прозвище. Правдоподобнее видеть в основе именно русское диалектное слово, тем более что фамилия встречается в центральных и южных областях России, где птицеводство было распространено.

География фамилии Капонина неширокая. По данным современных телефонных справочников и архивов ЗАГС, носители сосредоточены в основном в Нижегородской, Владимирской и Рязанской областях. Встречается фамилия и в Москве, но скорее как результат миграции. Интересно, что в некоторых переписях XIX века фиксировалась форма Капонины — с ударением на второй слог, что подтверждает происхождение от прозвища Капон, а не от канонического имени.

С точки зрения социального статуса, Капонины — это, скорее всего, крестьянская фамилия. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что логично: прозвище по птицеводству не давало оснований для попадания в высшее сословие. Впрочем, это не умаляет её ценности как исторического свидетельства — за фамилией стоит конкретное занятие, которое кормило семью на протяжении поколений.