Фамилия Капониров — редкий случай, когда морфология сразу указывает на профессиональное прозвище, а не на имя отца. Суффикс -ов присоединён к основе «капонир», что для русской фамилии необычно: слово заимствованное, военно-инженерное. Капонир — это фортификационное сооружение, бетонное или земляное укрытие для ведения флангового огня, чаще всего в крепостях XIX — начала XX века. Соответственно, прозвище Капонир могли дать человеку, имевшему отношение к строительству, обслуживанию или охране таких объектов: сапёру, артиллеристу, крепостному смотрителю.

Слово пришло в русский язык из французского caponnière, а туда — из итальянского, где capanna означает «хижина, шалаш». В русском языке оно закрепилось именно в военном лексиконе, и в крестьянской или мещанской среде такое прозвище — маркер того, что предок служил по военно-инженерной части или жил при крепости. Это не фамилия от имени или географического названия, а прямая профессиональная характеристика.

Фамилия очень редкая. В дореволюционных справочниках и метрических книгах она почти не встречается, что говорит о её позднем оформлении — скорее всего, в конце XIX — начале XX века, когда фамилии стали давать солдатам и нижним чинам по роду занятий. Альтернативная версия, что основа — от фамилии Капонов (от Капон — каплун, кастрированный петух), маловероятна из-за суффикса -ир, который нехарактерен для русских прозвищ и явно указывает на заимствованное слово.

По сословной принадлежности Капонировы — почти наверняка выходцы из военных или крестьян, приписанных к инженерным частям. Дворянских корней у фамилии нет: в «Списках дворянских родов» она не значится. Единственный способ узнать точную географию — искать носителей в подворных переписях крепостей западных губерний (Брест, Ковно, Новогеоргиевск) или в списках сапёрных батальонов.