Фамилия Капанина образована от прозвища Капан. Слово «капан» в говорах Северного Кавказа означало меру хлеба. Скорее всего, предок носителя фамилии занимался выпечкой и продажей хлеба — был хлебником. Но есть и вторая версия: прозвище могли дать по слову «капа» — так в некоторых регионах называли шапку или фуражку. Тогда Капаном прозвали человека, который постоянно носил заметный головной убор или торговал шапками.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: Капанин — сын или потомок Капана. Женская форма Капанина — вариант той же фамилии, закрепившийся в документах за женщинами.

Фамилия редкая, её географическое ядро, вероятно, связано с южными областями России и Кавказом, где слово «капан» было в ходу. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще встречаются в северных и центральных регионах, фамилии на -ин типичны для юга и запада. В сочетании с кавказским корнем это делает Капанину характерным примером фамилии, возникшей на стыке русской словообразовательной традиции и местного говора.