Фамилия Капанайко звучит на украинский лад и почти наверняка имеет украинское происхождение. Её выдает суффикс -айко, который в украинской ономастике выполняет ту же роль, что и уменьшительно-ласкательные суффиксы в русских фамилиях. Если бы фамилия была польской или белорусской, мы бы скорее увидели окончание -айло или -айла. Здесь же перед нами типично украинская модель образования прозвищ и фамилий от глагольных основ.

Корень «капан» отсылает к глаголу «капати» — капать. В прямом смысле так могли прозвать человека, который постоянно что-то ронял, проливал, или же, наоборот, того, кто работал с жидкостями: бондаря, винодела или даже рыбака. Но есть и другая, более живая версия. В украинских говорах «капати» могло означать «доносить, ябедничать», а «капайло» — ябеда. Тогда Капанайко — это «тот, кто капает», то есть доносчик, но в уменьшительной, почти шутливой форме.

Суффикс -айко в украинском языке часто придаёт слову оттенок фамильярности или пренебрежения. Сравните: «дiд» — «дiдайко» (старикашка), «хлопець» — «хлопайко» (парнишка). Следовательно, Капанайко — это не просто «капающий», а «капающий этакий», «капунчик». Фамилия могла закрепиться за конкретным человеком с таким поведением, а потом перейти к его потомкам.

Географически фамилия тяготеет к западным и центральным областям Украины, особенно к регионам, где распространены фамилии на -айко (Винничина, Хмельничина, Житомирщина). В России она встречается редко и, скорее всего, принадлежит потомкам украинских переселенцев. Сословного барьера у фамилии не было: так могли назвать и казака, и крестьянина, и мещанина — всё зависело от прозвища, а не от происхождения.

Встречаются варианты написания: Капанайко, реже — Капанайко с ударением на последний слог. В дореволюционных метриках фамилию могли записать как Капанайков, подгоняя под русский шаблон, но исходная украинская форма сохранилась у большинства носителей. Искать однокоренные фамилии стоит среди украинских: Капайло, Капанець, Капка. Все они так или иначе связаны с тем же корнем и, вероятно, с теми же прозвищами.