Фамилия Крапулькин образована по редкой, но показательной модели: суффикс -ин указывает на принадлежность «сын такого-то», а основа Крапульк- восходит к прозвищу или имени Крапулька. В русской ономастике суффикс -к- в основе часто даёт уменьшительно-ласкательный или уничижительный оттенок, что характерно для прозвищ, закреплённых за человеком по какому-то внешнему или поведенческому признаку.

Корень «крап-» (или «крапл-») в русских говорах связан с крапиной, пятнышком, точкой. Отсюда же «крапчатый» — пёстрый, в мелких пятнах. Вероятнее всего, Крапулькой прозвали человека с рябым лицом после оспы, с веснушками или просто с необычной, пёстрой кожей. В некоторых диалектах «крапулька» могла означать и мелкую божью коровку, что тоже отсылает к пятнистой окраске. Альтернативная версия, возводящая фамилию к литовскому слову «krapas» (укроп), маловероятна для русского ареала — географически фамилия встречается в центральных и северных областях России, а не на западе, где влияние балтийских языков сильнее.

Фамилия не дворянская и не купеческая: модель на -ин с уменьшительной основой типична для крестьянской и мещанской среды XVI–XVIII веков. Носитель прозвища Крапулька, скорее всего, был простым человеком, которого в деревне выделили по внешности. Со временем прозвище закрепилось за детьми как фамилия, а суффикс -ин оформил её по стандарту «чей сын?» — Крапулькин, то есть «сын Крапульки».

Словообразовательно фамилия стоит в одном ряду с Крапивин (от «крапива»), Крапилькин (от «крапилька» — пятнышко), но отличается от них именно уменьшительной формой на -ульк-, что встречается реже — ср. Капулькин, Козулькин. Такие фамилии хорошо сохраняют живой говор и звучат архаично, что делает их ценным материалом для исторической диалектологии.