Фамилия Кърджилов — редкий случай в русской ономастике, и её разбор стоит начать не с корня, а с написания. Буква «ъ» (ер) в корне сразу выдает нерусское происхождение. В исконно русских фамилиях твёрдый знак встречается только на стыке приставки и корня (например, Съездов) или в старых вариантах вроде Изъединов, но не внутри основы. Здесь «ъ» — либо след болгарской орфографии (до 1945 года болгары писали «кър» вместо «кр»), либо графическая передача тюркского произношения, где звук ближе к твёрдому «ы».

Самая вероятная версия — болгарские или македонские корни. Основа «кърджи» восходит к турецкому «kırca» или «kırcalı» — так называли разбойников, повстанцев или просто жителей города Кырджали (ныне в Болгарии). В османский период слово «кърджалия» обозначало участников полуразбойничьих отрядов, действовавших на Балканах в XVIII–XIX веках. Таким образом, прозвище Кърджил мог получить либо человек буйного нрава, либо выходец из области Кырджали. Фамилия образована по болгарской модели — от прозвища на -ил с добавлением русского патронимического суффикса -ов: Кърджилов, то есть «сын Кърджила».

Менее убедительная, но возможная версия — тюркская. В карачаево-балкарском и кумыкском языках «кър» означает «поле», «степь», а «джыл» — «год» или «змея». Однако такое сложение дало бы скорее топонимическое или прозвищное значение вроде «степной змей», что маловероятно для фамилии без параллелей у соседних народов. Русские фамилии с корнем «кыр» (Кыров, Кырымов) обычно ведут от тюркского «кыр» — «пустошь», «грань», но наличие «ъ» и суффикса -ил снова указывает на балканский след.

Фамилия очень редкая. В открытых базах данных она встречается единично, в основном на юге России и в украинском Причерноморье — регионах, куда в XIX–XX веках переселялись болгары (так называемые бессарабские болгары). Носители Кърджиловых могли быть потомками болгарских переселенцев, сохранивших написание фамилии с твёрдым знаком в память о родине. В современной орфографии фамилию иногда записывают как Кырджилов, но исходный вариант с «ъ» — более точный исторический маркер.