Фамилия Крехтофилов — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а звукоподражательное прозвище. Корень «крехт» восходит к глаголу «крехтеть» (или «кряхтеть») — издавать сдавленные звуки при напряжении, боли или усилии. В русских говорах «крехтун» — человек, который часто кряхтит, охает, возможно, пожилой или болезненный. Прозвище Крехтофил, таким образом, могло закрепиться за тем, кто имел такую привычку.

Однако суффикс «-фил» в русских фамилиях — большая редкость. Он не характерен для славянской модели словообразования и скорее напоминает искусственное, книжное или даже шутливое образование. Вторая часть могла быть осмыслена как греческое «фил» (любящий), и тогда Крехтофил — «любитель покряхтеть». Вероятно, фамилия возникла в среде духовенства или семинаристов, где любили давать «учёные» фамилии с греческими и латинскими элементами. Подобные случаи известны: фамилии вроде Анемподистов, Гиацинтов, где книжная основа смешивалась с народной.

Суффикс «-ов» указывает на типичную модель русской фамилии — «чей?», «сын кого?». Значит, Крехтофилов — потомок человека по прозвищу или фамилии Крехтофил. Географически фамилия встречается единично, в основном на юге России и в Сибири, что может говорить о позднем закреплении в письменных источниках.

Если отбросить гипотезу об искусственном происхождении, возможна и более простая версия: искажение более распространённой фамилии, например, Крехтов или Крехтунов, под влиянием диалектного произношения или ошибки писаря. Но форма «Крехтофилов» настолько своеобразна, что её носители, скорее всего, обязаны фамилией именно семинарской традиции соединять живое слово с книжным окончанием.