Фамилия Кресеня — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, прозвище, связанное с календарём и православной традицией. Если отбросить суффикс -я, который в украинской, белорусской и южнорусской традиции часто оформляет фамилии (сравните: Шевченя, Лисеня), то корень «кресен» указывает на церковнославянское слово «кресение» — воскресение. В древнерусском языке «Кресень» или «Кресеня» могли называть человека, родившегося в воскресный день, либо того, кто появился на свет на Светлой седмице, сразу после Пасхи. Пасха в народе именовалась Велик-день, а воскресенье часто называли «неделей», но именно форма «кресен» закрепилась в богослужебных текстах.

Есть и вторая, более прозаическая версия: в некоторых говорах «кресеня» — это вариант слова «кресень», означавшего огниво или кресало, то есть приспособление для высекания огня. Такое прозвище мог получить кузнец, оружейник или просто человек с «огненным» нравом, вспыльчивый. Однако эта гипотеза менее вероятна: суффикс -еня в таком значении встречается редко, и обычно прозвища по инструменту образовывались иначе (например, Кресало, Кресов).

Географически фамилия Кресеня тяготеет к западнорусским и украинским землям, где была сильна традиция прозвищ на -я. Встречается она в основном на Смоленщине, Брянщине, а также в Беларуси. В документах XIX века можно найти единичные упоминания крестьян и мещан с такой фамилией в Могилёвской и Витебской губерниях.

С точки зрения словообразования, фамилия не получила типичного русского суффикса -ов или -ин, что говорит о её позднем закреплении или о том, что она бытовала в среде, где патронимическая модель не была обязательной. Сравните с однокоренными, но более частотными фамилиями Кресанов, Кресенов, Кресенский — все они имеют ту же основу, но оформлены по-разному. Кресеня стоит особняком: она сохранила исходную прозвищную форму без дополнительных приращений.

Таким образом, предки носителя фамилии Кресеня, скорее всего, были людьми, связанными с церковным календарём, либо получили прозвище по дню рождения. В любом случае, фамилия эта — живое напоминание о том, как в старину могли назвать человека не по отцу, а по событию.