Фамилия Крижавчанинов — редкий пример того, как славянское слово, обозначающее географическую или этническую принадлежность, превратилось в фамилию с помощью цепочки суффиксов. В её основе лежит слово «крижавчанин» — так на южнославянских землях (особенно в Сербии, Хорватии, Боснии) называли выходца из местности Крижавци или Крижевци. Название, в свою очередь, восходит к слову «криж» (крест): Крижевци — буквально «селение у креста».

Модель образования здесь необычна для русской фамилии. Если бы предок просто приехал из тех краёв, его могли бы записать Крижавчаниновым, добавив русский патронимический суффикс -ов к уже готовому прозвищу «крижавчанин». То есть фамилия фиксирует не просто прозвище, а сразу «сына крижавчанина». Это отличает её от более прямых географических фамилий вроде Москвин или Поляков.

Словообразовательная цепочка выглядит так: криж (крест) → Крижавци/Крижевци (селение) → крижавчанин (житель) → Крижавчанинов (потомок). Суффикс -анин в славянских языках — типичный показатель принадлежности к месту или общине (сравните: римлянин, горожанин). В русской среде такое образование встречается редко, поэтому фамилия почти наверняка указывает на недавнего мигранта из Балканского региона, который оказался в русскоязычной среде не позднее XVIII–XIX веков.

В ономастике восточных, западных и южных славян именования по той же модели широко представлены, но именно форма на -анинов встречается в основном у южных славян, а в России закрепилась как фамилия лишь в единичных случаях. Других правдоподобных версий происхождения нет: связывать корень с «криж» (крест) и балканской топонимикой — единственный логичный путь.