Фамилия Кротченко образована по распространённой восточнославянской модели: к основе прозвища Крот добавили украинский суффикс -енко, который первоначально означал «сын» или «потомок». Таким образом, Кротченко — буквально «сын Крота», то есть человек из рода того, кого в округе звали Кротом.

Само прозвище Крот, скорее всего, связано с одноимённым животным. В народной традиции крот — зверёк подслеповатый, но работящий и скрытный, роющий ходы под землёй. Прозвище могли дать человеку невысокого роста, с плохим зрением, либо тому, кто любил копаться в земле или занимался земляными работами — например, копал колодцы или погреба. Впрочем, не исключено и переносное значение: «кротом» могли назвать нелюдимого, замкнутого человека, который «живёт как крот».

Исторические записи подтверждают, что прозвище Крот и производные от него фамилии встречаются на Руси с давних пор. В работе С. Б. Веселовского «Ономастикон» упомянут крестьянин Крот, живший в 1545 году в Новгороде, а также псковский посадник Яков Иванович Кротов (1461 год). Эти примеры показывают, что прозвище было в ходу в разных слоях общества — от крестьян до городской знати.

Фамилия Кротченко — украинская по форме, что указывает на её происхождение на территории современной Украины или в южнорусских землях, где суффикс -енко был особенно популярен. Встречаются и патронимические варианты от той же основы: Кротов (русский), Кротенко (также украинский), Крот (без суффикса). Все они восходят к одному корню, но Кротченко выделяется именно моделью «прозвище + -енко», типичной для фамилий, которые закрепились в XVI–XVII веках.