Фамилия Кртин — редкая и, на первый взгляд, неожиданная. Её основа — не полное имя, не профессия, а краткая форма древнерусского имени или прозвища.

Скорее всего, в основе лежит имя Кръта или Крта — усечённый вариант от полного христианского имени Крест (от греческого «крест»). В старину имя Крест давали в честь христианского символа, но в быту оно сокращалось до простых форм: Кртя, Крта. Отсюда и фамилия: Кртин — «сын Крты» или «из рода Крты». Суффикс -ин указывает на принадлежность, типичную для русских фамилий, образованных от имён на -а/-я.

Есть и вторая версия, менее вероятная, но возможная для южных или западных регионов: прозвище Крт могло быть связано с диалектным словом «крт» — крот. Прозвище давали человеку, который, как крот, копался в земле, был нелюдимым или работал в шахтах. Однако имя Крест выглядит более убедительным источником, так как фамилии от названий животных обычно имеют форму Кротов, а не Кртин.

Написание фамилии с одной «т» — не ошибка, а следствие старого произношения: в кратких именах двойные согласные не писали. Встречаются варианты Кртнин, Кртнов, но Кртин — самая компактная и древняя форма.

Географически фамилия привязана к центральным и северным губерниям России, где имя Крест было более употребительно. Носители Кртиных — потомки крестьян или посадских людей, получивших фамилию по отцу в XV–XVII веках. Сегодня фамилия встречается единично, что делает её ценной для генеалогического поиска.