Фамилия Крукзинер — редкий пример, когда в основе лежит не имя и не географическое название, а конкретная профессия, причём заимствованная из немецкого языка. По наиболее убедительной версии, она восходит к немецкому слову Krugziner. В нём легко угадываются две части: Krug — «кувшин», «кружка», а в переносном смысле «кабак, трактир», и суффикс, указывающий на владельца или содержателя. Таким образом, Крукзинер — это «владелец кабака» или «трактирщик». Прозвище давали человеку, который держал питейное заведение или был с ним тесно связан по роду занятий.

Написание фамилии в русском языке претерпело характерные изменения: немецкое Krugziner превратилось в «Крукзинер». Звук [г] в начале слова перешёл в [к] — это типичная адаптация для русского слуха, особенно если фамилия бытовала в среде, где немецкая речь соседствовала с русской (например, в поволжских колониях или в остзейских губерниях). Встречается и вариант «Кругзинер», но он менее точен этимологически: исходное немецкое слово пишется через g, однако произносится твёрдо, что и отразилось в русской записи через «к».

Фамилия относится к «профессиональным» — тем, которые прямо указывают на занятие предка. В отличие от фамилий на -ов или -ин, образованных от отчества, здесь мы видим готовое прозвище, которое закрепилось за родом без дополнительных русских суффиксов. Это говорит о том, что носители фамилии, скорее всего, были выходцами из немецкоязычной среды (возможно, из числа переселенцев в Российскую империю в XVIII–XIX веках) и сохранили исходную форму именования.

Точное место и время возникновения фамилии Крукзинер без углублённых генеалогических изысканий назвать сложно. Однако сам тип прозвища — «владелец кабака» — встречается в разных культурах, а его немецкое происхождение сужает круг поиска: наиболее вероятные регионы — бывшие немецкие колонии на Волге, Причерноморье или Прибалтика.