Фамилия Крысаченко — яркий пример того, как личное прозвище, данное по внешности или поведению, превратилось в наследственное родовое имя. В основе лежит слово «крыса», которое в русских говорах имело не только прямое зоологическое значение, но и переносное: так могли назвать юркого, пронырливого, суетливого человека, а иногда — и просто невысокого ростом. Прозвище Крыса, от которого и пошла фамилия, было нередким в крестьянской среде XVII–XVIII веков.

Словообразовательно фамилия Крысаченко принадлежит к восточноукраинскому типу на -енко, который означает «сын», «потомок» или «маленький». В украинской ономастике суффикс -енко стал доминирующим в XVI–XVII веках, особенно на Левобережье Днепра, в Полтавской, Черниговской и Харьковской губерниях. Соответственно, Крысаченко — это буквально «сын Крысы» или «маленький Крыса». Если бы фамилия формировалась в великорусских землях, она, скорее всего, приняла бы форму Крысин (с суффиксом -ин) или Крысов (с -ов).

Интересно, что в отличие от фамилий, образованных от «мышь» (Мышкин, Мышенко), производные от «крыса» встречаются реже. Это может говорить о том, что прозвище было более индивидуальным, а не типовым, и закреплялось за конкретным родом. Поскольку суффикс -енко был распространён в среде казачества и свободных крестьян, предки Крысаченко, скорее всего, относились к казацкому сословию или к государственным крестьянам, а не к крепостным. В документах XVIII–XIX веков эта фамилия могла фиксироваться с вариантами написания: Крысаченко, Крысаченков, а в польском влиянии — Крысаченко.

Сравните с однокоренными фамилиями: Крысанов (с суффиксом -анов, что указывает на возможное тюркское влияние), Крысалов (от прозвища Крысало — тот, кто ловит крыс, возможно, истребитель грызунов), и собственно Крысаченко. Последняя сохраняет наиболее прозрачную связь с исходным прозвищем и чётко указывает на южнорусское или украинское происхождение рода.