Фамилия Крыжачковский — редкий пример, где польская, украинская и русская языковые стихии сошлись в одной словообразовательной модели. Её основа — прозвище Крыжачко, а суффикс -овский указывает на типично шляхетский или польский способ образования фамилий (как в фамилиях Ковалевский, Загурский). В сочетании с восточнославянским суффиксом -ко (уменьшительно-ласкательным или принадлежностным) получается гибридная форма: «потомок того, кого звали Крыжачко».

Само прозвище Крыжачко имеет два основных объяснения, и оба равноправны. Первое — от польского krzyż («крест»). В украинских говорах «крыж» — это не просто крест, а часто католический крест, поэтому «крыжачом» могли назвать католика или человека, носившего нательный крест особой формы. Второе — от украинского крижень (кряква, большая дикая утка). В этом случае прозвище давали охотнику за утками либо человеку, чья походка или осанка напоминали эту птицу.

Фамилия бытует преимущественно на западе Украины и в приграничных районах Польши и Беларуси — в зоне исторического влияния Речи Посполитой. Именно там смешение польской фамильной модели -ski с местным прозвищем на -ко давало такие двойные формы, как Крыжачковский.

Интересная деталь: написание через «ы» (Крыжачковский, а не Крижачковский) выдает южнорусское или украинское произношение, где звук [и] после твёрдого согласного передавался как «ы». В польском оригинале фамилия выглядела бы как Krzyżaczkowski — с двумя шипящими и мягким «ж».

Однокоренные фамилии — Крыжановский, Крыжевский, Крыжачок — все они восходят к тому же корню «крыж», но различаются суффиксами и ареалом. Крыжачковский стоит особняком: он самый «длинный» по составу и, вероятно, самый поздний по времени оформления (XIX век, когда крестьянам массово присваивали фамилии по прозвищам предков).