Фамилия Крыжантовский — редкий пример «цветочной» фамилии, образованной от устаревшего названия хризантемы. Вплоть до середины XX века в русском языке бытовало слово «крыжант»: это произносительный вариант, возникший из части «хризант» в заимствованном слове «хризантема». Сама хризантема родом из Китая (разводили её уже в 551 году до н. э.), в Европу попала лишь в XVII веке, а в России появилась в середине XIX столетия. Значит, фамилия Крыжантовский не могла сложиться раньше второй половины XIX века — она молодая по меркам русских фамилий.

Суффикс -овск-/-евск- и окончание -ий указывают на типичную модель фамилий польского или западнорусского дворянства и духовенства. Такие фамилии нередко давали по названию местности (топониму) или по прозвищу. В случае с Крыжантовским основа — не топоним, а прозвище: «Крыжант» мог получить цветовод, садовник, торговец цветами или просто человек, любивший хризантемы. По аналогии: от слова «роза» возникала фамилия Розов (а не Розин), хотя суффикс -ов по правилам присоединяется к основам мужского рода. Здесь же модель усложнена суффиксом -овск-, что сближает фамилию с семинарскими или искусственными фамилиями, которые придумывали в духовных училищах.

В польском языке «chryzantema» звучало как «chryzant» или «kryzant», а суффикс -owski — один из самых распространённых при образовании фамилий шляхты. Поэтому Крыжантовский мог появиться и в польско-литовской среде, а затем перейти в русскую письменность. В любом случае, фамилия книжная, не крестьянская — её носители, скорее всего, имели отношение к образованным сословиям: духовенству, мещанству или мелкопоместному дворянству.

Точно определить время и место происхождения рода Крыжантовских можно лишь на основании серьёзных генеалогических изысканий: метрических книг, ревизских сказок, списков дворян. Но уже сейчас ясно: фамилия звучит необычно, а её корень — «крыжант» — исчез из живого языка в 1950-х годах, уступив место полному греческому варианту.