Фамилия Кщцубинский — один из тех редких случаев, когда написание настолько необычно, что заслоняет собой происхождение. Сочетание «кщц» в начале для русского уха и глаза почти невозможно: такого стечения согласных в исконных славянских словах не бывает. Это почти наверняка искажение, возникшее при переписи или в канцелярии, когда писарь записывал фамилию на слух, а потом ошибка закрепилась в документах.

Исходная форма, скорее всего, звучала как Кубинский или Кубенский. Суффикс -ский указывает на польское или западнорусское (шляхетское, а позднее — мещанское или крестьянское) происхождение. Такие фамилии образовывали от названия местности. В основе лежит топоним: либо от города Кубинка (под Москвой), либо от озера Кубенское (Вологодская область), либо от реки Кубань. В польской традиции фамилия Кубинский могла возникнуть от местечка Кубин (например, в бывшей Гродненской губернии).

Первый слог «Кщц-» — это, вероятно, результат слияния предлога «к» и фамилии (запись «к Кубинскому» — «к Кщцубинскому»), либо просто ошибка при копировании, когда буквы «у» и «б» «съехали» в «щц». В любом случае, читатель может смело считать эту фамилию вариантом более распространённой — Кубинский. Предки носителя такой фамилии, скорее всего, жили в одном из нескольких поселений с корнем «куб-» (от «куб» — мера сыпучих тел, или от диалектного «куб» — возвышенность) и получили прозвище по месту жительства: «выходец из Кубина».