Фамилия Кшонзер — редкий пример, где польская географическая основа соединилась с германским суффиксом, что сразу указывает на ашкеназское происхождение. В основе, скорее всего, лежит название польского населённого пункта Кшеницы (Ченстоховский повят). Германский формант -er в таких фамилиях традиционно означал «житель» или «выходец»: Кшонзер — тот, кто родом из Кшениц.

Само название Кшеницы, вероятно, восходит к польскому ksiądz («ксёндз», то есть «священник») либо к książe («князь»). Оба слова звучат похоже, и точно определить, какое из них стало источником, сложно. В любом случае, прозвище, а затем и фамилия закрепились за человеком, который либо сам перебрался из этого села, либо его предки носили память о нём в имени.

Именно сочетание польской топонимики и немецкоязычного суффикса — ключевая особенность фамилии. Такая модель типична для еврейских фамилий, возникших на землях бывшей Речи Посполитой в XVIII–XIX веках, когда при административном учёте населения использовали язык местной бюрократии (немецкий) и привязывали человека к месту его рождения или проживания. Так что носитель фамилии Кшонзер с высокой вероятностью происходит из ашкеназской семьи, чьи корни уходят в окрестности Ченстохова.