Фамилия Кшонзер ведет начало от аналогичного прозвища. Предположительно, это прозвище образовано от географического названия Кшеницы с помощью германского суффикса -ер, который в данном случае имеет значение «житель местности». Таким образом, прозвище Кшонзер получил выходец из населенного пункта Кшеницы, расположенного в Польше, в Ченстоховском районе (повяте). Само название Кшеницы, возможно, происходит от польского ksiądz («ксяндз», «ксендз»), что значит «священник», или от książe («ксяндже», «ксендже») - «князь». Так, наличие в фамилии Кшонзер германского форманта -ер указывает на то, что она имеет ашкеназские корни.