Фамилия Ксонтини — редкий случай для русского ономастикона. Её звучание и окончание на -ини выдают иноязычное происхождение, скорее всего, итальянское или греческое. В русском языке фамилии на -ини нехарактерны: привычные нам варианты — это -ин (как Пушкин) или -инов (как Мининов). Здесь же мы видим окончание, типичное для итальянских фамилий во множественном числе (например, Россини, Боттичелли), которое указывает на принадлежность к роду или месту.

Основа «Ксонт-» — наиболее спорная часть. Если отталкиваться от греческого, то корень «ξανθός» (ксантос) означает «светлый, русый, золотистый». Отсюда, например, имя Ксантиппа («светлая лошадь») или топоним Ксанф (древний город в Ликии). В таком случае Ксонтини могло быть прозвищем или указанием на светлый цвет волос у предка. Однако переход от «ксант» к «ксонт» фонетически неочевиден, хотя возможен в диалектах или при адаптации через другой язык.

Итальянская версия выглядит правдоподобнее: суффикс -ини — уменьшительный или патронимический, а корень мог произойти от имени или прозвища. Например, от «conte» (граф) или от топонимов вроде Конти (Conti) — распространённая итальянская фамилия. Но начальное «кс» (редкое для итальянского) заставляет подозревать греческое влияние через южноитальянские диалекты, где были греческие колонии. В таком случае Ксонтини — это греко-итальянский гибрид, означающий «потомок светлого» или «родом из местечка Ксонти».

В России эта фамилия, по всей видимости, не исконная, а принесённая переселенцами — возможно, греками или итальянцами, осевшими в Причерноморье или в крупных городах в XIX–XX веках. Встречается она крайне редко, и носители, скорее всего, помнят о своих южных корнях. Однозначного толкования нет, но наиболее обоснованная гипотеза — происхождение от греческого «ксантос» с итальянским суффиксом, что делает фамилию маркером смешанного культурного происхождения предков.