Фамилия Кстенко — редкий случай в русской ономастике, где суффикс указывает на происхождение точнее, чем корень. Формант -енко, типичный для украинских фамилий, говорит о том, что предок носителя был родом с территории современной Украины или юга России. В украинской модели -енко означает «сын» или «потомок»: Кстенко — буквально «маленький Кста» или «сын Ксты».

С корнем сложнее. В русских говорах и письменных источниках слово «кста» не встречается как самостоятельное. Есть две основные версии. Первая: основа связана с диалектным глаголом «кстить» — то есть крестить, а «кста» могла быть краткой формой имени Ксенофонт, Кристина или даже крестильного имени вроде Креста. В таком случае Кстенко — потомок человека, которого в быту звали Кста. Вторая версия: фамилия могла возникнуть от прозвища, связанного с местным словом «кст» — в некоторых говорах так называли куст или заросли. Тогда предок получил прозвище по месту жительства: живущий у кста, у кустарника.

Вторая версия менее убедительна: фамилии на -енко редко образуются от чисто топографических прозвищ, чаще — от личных имён или профессий. К тому же в украинской ономастике засвидетельствованы фамилии, образованные от сокращённых форм имён, начинающихся на «Кс-» (Ксения, Ксаверий). Поэтому наиболее вероятно, что Кстенко — это патроним, указывающий на предка по имени Кста, которое в свою очередь было домашней формой какого-то полного христианского имени.

Фамилия крайне редкая. В современных базах данных она встречается единично, в основном на востоке Украины и в приграничных областях России. Это не случайность: именно в этих регионах модель на -енко была самой распространённой в XVII–XVIII веках среди казачества и крестьянства. Носитель фамилии Кстенко, скорее всего, потомок выходца из этих мест, чей предок носил редкое или местное имя, не сохранившееся в официальных документах, но закрепившееся в родовом прозвище.