Фамилия Кстюченко — редкий случай, когда основа почти не поддаётся однозначной расшифровке с первого взгляда. Она образована по типичной украинской модели с суффиксом -енко, который в XVI–XVII веках означал «сын» или «потомок» (ср. Шевченко, Тимошенко). Но что скрывается за корнем Кст-, понять сложнее.

Самый вероятный путь — через звуковые изменения. Исходной формой могло быть Костюченко — распространённая фамилия от уменьшительного Костюк (от имени Константин). В украинских говорах, особенно в западных регионах (Волынь, Подолье, Галичина), начальное «Ко-» в безударном положении иногда редуцировалось до «К-»: Костюк произносили как Кстюк. На письме это закрепилось как Кстюк, а далее — Кстюченко. Подтверждается это тем, что фамилия Кстюченко встречается почти исключительно на западе Украины, где такие фонетические сдвиги типичны, и практически отсутствует в восточных областях.

Менее убедительная версия выводит корень из диалектного глагола кстати — «поспеть, успеть вовремя» или «прийтись к месту». В этом случае Кстюк — прозвище удачливого, расторопного человека, который всегда оказывается там, где нужно. Однако такая основа не дала большого числа фамилий, и примеров параллельного словообразования (вроде Кстенко, Кстов) почти нет, что делает эту гипотезу слабой.

Обратите внимание на написание: Кстюченко — не Кстюченко с мягким знаком, а именно с твёрдым «т». Это ещё один аргумент в пользу версии о стяжении из Костюченко: при слиянии «Ко» в «К» согласный «т» остался твёрдым, как в исходном имени Константин.

Таким образом, предки носителей этой фамилии с высокой вероятностью носили имя Константин (в бытовой форме Костюк) и жили на западе Украины, в зоне действия говоров, где небрежное произношение превратило «Костюченко» в «Кстюченко». Фамилия осталась малочисленной — по сути, это живая запись местного произношения, которое не выправили под литературную норму.