Фамилия Ксюнин нечастая, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. В ней слышится что-то женственное, почти уменьшительное, но на деле корень может быть совсем не тем, чем кажется.

Самый прямой путь — от разговорной формы имени Ксения. В русских говорах Ксюня, Ксюха — типичные домашние прозвища для Ксении. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей сын?» — Ксюнин. То есть предок мог быть сыном женщины по имени Ксения. Такая модель встречается, но реже, чем отчества от мужских имён: обычно фамилии на -ин образовывали от мужских основ (Петин, Ванин). Однако если отец был неизвестен или мать играла главную роль в хозяйстве (вдова, солдатка), сына могли записать по матери — отсюда и Ксюнин.

Но есть и другая, более прозаичная версия. В русских диалектах слово «ксюня» или «ксюн» фиксировалось как прозвище плаксы, нюни, капризного человека. В словаре Даля «ксюнять» — хныкать, плакать. Тогда фамилия образована не от имени, а от прозвища: Ксюня — плакса, а его потомки стали Ксюниными. Эта версия логичнее с точки зрения словообразования, потому что прозвища на -я (Гридя, Митя, Ксюня) чаще становились основами фамилий, чем женские имена.

Спорный момент: могла ли фамилия возникнуть от тюркского или финно-угорского корня? В ономастике таких подтверждений нет. Корень «ксюн-» не характерен для тюркских языков, а в финно-угорских сходные звучания (например, «ксюня» в карельских говорах) — это заимствования из русского. Так что версия с плаксой или с именем Ксения остаётся основной.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России — там, где диалектное слово «ксюня» было в ходу. В южных регионах и на Украине она почти не встречается. Сословно Ксюнины, скорее всего, крестьяне или мещане: фамилии от прозвищ редко носили дворяне, если только прозвище не переходило в чин.

Итог: ищите корни либо в женском имени Ксения (редкий случай матрилинейной фамилии), либо в диалектном прозвище плаксы. Без дополнительных генеалогических данных (место жительства предков, исповедные росписи) выбрать одну версию сложно, но обе имеют право на существование.