Фамилия Ксюнина — яркий пример образования от женского имени, что встречается реже, чем патронимы от мужских имен. Основа здесь — имя Ксюня, которое в русской народной традиции было ласкательной формой от Ксения (в просторечии — Аксинья). Суффикс -ин указывает на принадлежность: буквально «чья?» — Ксюнина, то есть жена, дочь, вдова человека, которого в быту называли Ксюней. Такая модель характерна для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин активно давали по прозвищам или именам матери, если женщина оставалась главой семьи или была заметной фигурой в общине.

Вероятнее всего, первый носитель фамилии получил её не от отца, а от матери или бабушки по имени Ксюня. В крестьянской среде это могло случиться, если женщина после смерти мужа вела хозяйство или если её личное прозвище закрепилось за детьми. Второй, менее вероятный вариант — что Ксюней в шутку называли мужчину (например, за мягкий характер или любовь к рукоделию), и его потомки стали Ксюниными. Но ономастическая логика склоняется к первому сценарию: фамилии от женских канонических имён вроде Ксения, Марья, Анна — редкие, но не уникальные, и часто указывают на особый семейный уклад.

Географически фамилия встречается в основном в европейской части России, особенно в Поволжье и на Урале, где были распространены уменьшительные формы на -ня. Письменные источники не фиксируют Ксюниных среди дворянства или купечества — это фамилия крестьянского или мещанского сословия, которая могла закрепиться в XIX веке после отмены крепостного права, когда бывшим крепостным давали фамилии по именам родителей. В современном русском языке фамилия сохраняет редкую огласовку: ударение, скорее всего, падает на второй слог — Ксю́нина, хотя в говорах возможно смещение.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Ксюнин, Ксюнкин, Аксютин — показывает, что в основе всегда лежит народная форма имени Ксения, а не церковная. Это типичный случай, когда официальное имя и бытовое прозвище разошлись: в метриках могли записать «Ксения», а в повседневной речи — «Ксюня». Таким образом, фамилия Ксюнина — не просто указание на родство, а отражение живого языка, где ласкательное имя стало родовым знаком.