Фамилия Кцупидон — настолько редкая, что её происхождение приходится реконструировать по обломкам. В ней нет привычного для русских фамилий суффикса (-ов, -ин, -ский), а основа не похожа ни на одно славянское слово. Это указывает на два возможных пути: либо фамилия искусственная (семинарская), либо иноязычная, сильно искажённая при записи.

Если отталкиваться от звучания, то «Кцупидон» с большой долей вероятности — переосмысление латинского «Cupido» (Купидон). В русских духовных училищах и семинариях XVIII–XIX веков было принято давать будущим священникам «благозвучные» фамилии на латинской или греческой основе: Амуров, Ангелов, Купидонов. Вариант Кцупидон мог возникнуть из-за прибавки начального «к» — это нередкий дефект устной передачи: «к Купидону» слилось в одно слово «Кцупидону», а потом закрепилось как фамильная форма. Получается, что предок носителя — скорее всего, выходец из духовного сословия, получивший фамилию по имени античного бога любви.

Альтернативная версия — искажённая западная фамилия. В польском или немецком произношении фамилии вроде «Kupidon» или «Kupidont» могли при переносе в русскую канцелярию потерять гласную и получить лишний согласный. Однако эта гипотеза слабее: в документах Речи Посполитой подобная фамилия не зафиксирована, а для немецких земель она вовсе нетипична.

Географически фамилия Кцупидон почти не встречается. Единичные записи относятся к югу России и Украине — регионам, где семинарские фамилии были особенно популярны. Никаких «известных носителей» в истории нет, и это нормально: фамилия осталась редкой, потому что её носители, вероятно, не составляли многочисленного рода.

По сути, Кцупидон — это русская фамилия-конструктор, собранная из латинского корня, характерного семинарского суффикса (отсутствующего, но подразумеваемого) и случайной приставки, которая превратила «Купидона» в почти неузнаваемого «Кцупидона».