Фамилия Кубья — редкая, и её происхождение неочевидно. Сразу заметна нестандартная модель: окончание -ья нехарактерно для русских фамилий, которые обычно заканчиваются на -ов, -ин или -ский. Это подсказывает, что перед нами, скорее всего, не русская, а заимствованная или искусственно оформленная фамилия.

Наиболее вероятная версия связывает Кубья с личным именем или прозвищем. В основе может лежать тюркское слово «куб» — «сосуд», «кувшин» или «мера сыпучих тел». Тогда прозвище Кубья мог получить бондарь, изготовитель посуды, или человек, ведавший мерами и весами. Другой тюркский корень — «куба» (бледный, светлый, седой) — мог указывать на внешность: светловолосого или седого человека. В этом случае фамилия образована по той же модели, что и русские фамилии на -ья от прозвищ (сравните с фамилиями типа Грязья, Кислья, хотя они единичны).

Вторая версия — географическая. Кубья — это название реки в Пермском крае и деревни на её берегу. Фамилия могла возникнуть как прозвище выходца оттуда: «Кубья» — «тот, кто с реки Кубья». Такая модель образования от названия реки без типичного суффикса (-ский, -ин) встречается в северных и уральских говорах, где фамилии нередко застывали в форме прозвища. Подтверждением служит и то, что фамилия Кубья встречается именно в Пермском крае и соседних регионах Урала.

Суффиксальный разбор затруднён: -ья здесь не суффикс в привычном смысле, а окончание, которое могло закрепиться при переносе прозвища в паспорт. В русской ономастике такие формы считаются архаичными и редкими. Обычно их не разбирают по морфемам, а рассматривают как цельное прозвище, ставшее фамилией.

Что касается сословной принадлежности, точных данных нет. Скорее всего, носители фамилии были крестьянами или мастеровыми — на Урале и в Прикамье в XVIII–XIX веках такие прозвища давали по ремеслу или месту жительства. Дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано.

Из известных носителей можно упомянуть разве что единичные записи в метрических книгах Пермской губернии. Фамилия остаётся локальной и нечастотной, что делает её особенно интересной для семейного поиска: если вы носите фамилию Кубья, ваши предки почти наверняка жили на севере Пермского края или в Удмуртии.