Фамилия Кубыкина — женская форма фамилии Кубыкин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Кубыка. Это древнерусское слово, родственное глаголу «кубыкать», что в некоторых говорах значило «стучать, греметь, издавать глухой звук». Однако куда вероятнее, что прозвище имело переносный смысл: так могли назвать человека невысокого и плотного, «круглого», похожего на кубышку — сосуд или коробочку. Слово «кубышка» в народной речи означало и толстый, надутый предмет, и скупого, прижимистого человека. Таким образом, Кубыка — это либо «коротышка», либо «скряга», причём первая версия выглядит убедительнее, потому что прозвища по внешности давали чаще, чем по характеру.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность — «сын Кубыки» или «из семьи Кубыкиных». Форма Кубыкин закрепилась в письменных источниках не позднее XVII века, когда на Руси активно шёл процесс оформления фамилий у крестьян и посадских людей. Встречается фамилия преимущественно в центральных и северных областях России, особенно в костромских и вятских говорах, где слово «кубыка» бытовало в быту.

Редкость фамилии — в её неочевидной основе. В отличие от Кубышкина, где корень прозрачен, Кубыкин может ввести в заблуждение: иногда её ошибочно связывают с тюркским «куб» (сосуд) или с названием кубинского народа, но это ложные параллели. Филолог Б. Унбегаун в «Русских фамилиях» относит такие образования к группе прозвищ от предметов быта, не требующих заимствований. Так что Кубыкин — чисто русская фамилия, родившаяся из живого народного слова, а не из географических названий.