Фамилия Кубынишин — одна из тех, где главная загадка скрыта в основе, а не в суффиксе. Окончание «-ин» указывает на стандартную русскую модель принадлежности: «чей?» — Кубынишин, то есть сын или потомок Кубыниши. Но вот кем был этот Кубыниша — вопрос, на который нет однозначного ответа, и здесь приходится выбирать между несколькими версиями.

Самая вероятная версия связывает фамилию с прозвищем или именем Кубыня. В русских говорах «кубыня» — это не только кадушка, бочонок (от «куб» — сосуд), но и, в переносном смысле, плотный, коренастый человек или тот, кто любит выпить (по аналогии с «кубышка»). Суффикс «-иша» в прозвище Кубыниша мог иметь увеличительное или уничижительное значение (как «домище», «ручища»). То есть Кубыниша — это «большой Кубыня», человек, выделявшийся дородностью или, возможно, пристрастием к хмельному.

Менее распространённая, но тоже возможная версия — происхождение от географического названия. В тверских и псковских землях встречаются топонимы Кубынино, Кубынка, которые могли дать прозвание человеку, выходцу оттуда. В этом случае Кубынишин означал бы «пришелец из Кубыни». Однако суффикс «-ишин» для таких прозвищ нетипичен: обычно переселенцев называли Кубынский или Кубынин, а не Кубынишин.

С точки зрения словообразования фамилия редкая. Модель «основа на -иш- + -ин» характерна для фамилий, образованных от прозвищ с суффиксом субъективной оценки: Гавришишин, Фомишишин. Но в случае с Кубынишиным основа неканоническая, нецерковная, что указывает на незнатное, скорее всего крестьянское или посадское происхождение носителей. В дореволюционных метрических книгах фамилия встречается эпизодически, преимущественно в центральных губерниях России, без привязки к одному региону. Это подтверждает, что фамилия возникла как индивидуальное прозвище, а не как массовое родовое имя.