Фамилия Кубинишина звучит непривычно для русского уха, но её происхождение укладывается в несколько простых, хоть и неочевидных, моделей. Это женская форма фамилии Кубинишин, и именно в мужском варианте, как водится, и скрыта разгадка.

Основа фамилии — «Кубиниш». Суффикс «-иш» в русских фамилиях встречается редко, но он характерен для прозвищ, образованных от притяжательных прилагательных. Проще говоря, «Кубиниш» могло означать «сын (или потомок) Кубини» или «человек из рода Кубини». Само имя или прозвище «Кубиня» — это, скорее всего, уменьшительная форма от канонического имени Яков (в просторечии Якуб, Якуня) или от редкого имени Куприян (Куприй). В диалектах «кубя» или «куба» могло означать «коренастый», «плотный» человек, но эта версия менее вероятна, так как суффикс «-иш» чаще прикрепляется к личным именам.

Таким образом, первый носитель фамилии Кубинишин был, по всей видимости, сыном или внуком человека по прозвищу Кубиня. Географически фамилия тяготеет к северо-западным и центральным регионам России, где были распространены формы на «-иш» (сравните с фамилиями Кудишин, Зубишин). Встречается она и на Урале, куда переселенцы принесли свой говор.

Интересно, что женская форма «Кубинишина» закрепилась в документах именно так, с двумя «и» в середине, что подчёркивает её «пренебрежительно-ласкательное» происхождение — таков был типичный способ называть человека «из семьи такого-то». Если искать однокоренные фамилии, то ближе всего будут Кубинин, Кубин и Кубинов, но все они образованы от той же основы, только с разными суффиксами, что говорит о разных ветвях одного родового дерева.