Фамилия Кубыра — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, без типичных русских суффиксов -ов или -ин. Сама основа звучит не по-славянски, и здесь кроется главная загадка.

Скорее всего, фамилия Кубыра имеет тюркские корни. В тюркских языках, например в татарском или башкирском, слово «кубыр» или «кубыра» могло означать «труба», «желоб» или «дудка». Соответственно, прозвище Кубыра могли дать человеку, который играл на духовом инструменте (пастуху, музыканту) или, в переносном смысле, болтуну, «пустому говоруну» — тому, кто «дует в свою дудку». Вторая версия, менее вероятная, возводит фамилию к диалектному русскому «кубыр» — так в некоторых говорах называли небольшой холмик, бугорок. Тогда прозвище могло указывать на низкорослого или коренастого человека.

Если опираться на географию, фамилия Кубыра встречается на юге России, в Ростовской области и Краснодарском крае, а также в Поволжье. Это как раз зоны активных контактов русского и тюркского населения, что подтверждает первую версию происхождения. Фамилия не получила широкого распространения и осталась «штучной», что типично для прозвищ, закрепившихся за одним родом без дальнейшего суффиксального оформления.

В отличие от большинства русских фамилий, которые образуются по модели «имя/прозвище + суффикс принадлежности», Кубыра — это застывшее прозвище в именительном падеже. Такой способ характерен для украинских и белорусских фамилий (например, Шевченко, Сковорода), но в русской среде встречается реже и часто указывает на позднее закрепление фамилии, когда прозвище уже не склоняли, а просто передавали по наследству.