Фамилия Кубюн — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней нет привычного русского суффикса -ов или -ин, что сразу указывает на нерусские корни. Скорее всего, перед нами фамилия, пришедшая из тюркских языков, где слово «кюбюн» (или близкие варианты) могло означать «пень», «чурбан», «коротышка» или даже «толстяк». В некоторых тюркских диалектах так называли человека невысокого роста, плотного телосложения или просто упрямого — прозвище, данное по внешности или характеру.

Другая версия, менее вероятная, но возможная — связь с этнонимом. В Сибири, в частности у хакасов и тувинцев, встречается род «Кубюн» или «Кюбюн». Если фамилия имеет такое происхождение, она могла быть родовым именем, которое закрепилось за потомками конкретного человека из этого рода. Тогда фамилия Кубюн — не прозвище, а указание на принадлежность к определённой семейной или племенной группе.

Географически фамилия Кубюн сегодня встречается в основном в Сибири и на Дальнем Востоке России, что подтверждает её вероятное тюркское или монгольское происхождение. Носители фамилии — это, скорее всего, потомки коренных народов Южной Сибири (хакасов, тувинцев, алтайцев) или обрусевших тюрков. Написание фамилии без изменений, без суффиксов, говорит о том, что она была зафиксирована в документах в исходной форме, без русификации по модели «Кубюнов».

Однокоренных фамилий в русском языке почти нет, что делает Кубюн уникальным случаем. Если ваш предок носил эту фамилию, он, вероятно, был либо сибирским крестьянином-старожилом, либо представителем коренного народа, чьё прозвище или родовое имя стало официальной фамилией при советской паспортизации.