Фамилия Кубен — редкий случай, когда корень ясен, а вот путь образования неочевиден. В основе, скорее всего, лежит прозвище или географическое название, а не крестильное имя.

Самая прямая версия — происхождение от названия озера Кубенское (Вологодская область) или реки Кубена. В старину людей часто называли по месту жительства: «Кубенский» со временем могло сократиться до «Кубен». Тогда предок носителя фамилии был выходцем с берегов Кубенского озера — одним из «кубенян». Эта версия подкрепляется тем, что фамилия встречается в северных и центральных областях России, особенно в Вологодчине.

Вторая гипотеза отталкивается от диалектного слова «куб» — большой котёл или сосуд для перегонки. В некоторых говорах «кубень» или «кубен» могли называть человека, который варит пиво, смолу или занимается винокурением. Прозвище могло закрепиться за ремесленником, работающим с перегонными кубами. Такая модель образования (от названия орудия труда) типична для русских фамилий.

Третья, менее вероятная версия — связь с тюркским словом «кюбен» (войлочная кибитка, шатёр). Но для исконно русской фамилии это скорее экзотика, и подтверждений такой этимологии в ономастических словарях нет.

Фамилия образована без типичного суффикса (-ов, -ин, -ский), что указывает на её относительно позднее закрепление или на то, что она могла прийти из украинской или белорусской среды, где бессуффиксные фамилии (вроде Коваль, Гончар) встречаются чаще. В русском контексте Кубен — это прозвище, которое так и осталось в именительном падеже.

Сословно предки могли быть как крестьянами (особенно на Севере, где не было крепостного права и фамилии складывались раньше), так и посадскими ремесленниками. Известных носителей с этой фамилией в истории нет, что делает её сугубо родовой, «тихой» фамилией, не попавшей в дворянские родословные книги.