Фамилия Кубенская — яркий пример «географической» фамилии, образованной по модели, типичной для дворянских и духовных родов, но встречавшейся и у простых людей, переселившихся с нового места. Основа здесь — гидроним или топоним Кубена. Это и река в Вологодской области (приток Кубенского озера), и само озеро, и несколько сел с таким названием (например, Кубенское под Вологдой). Человек, носивший фамилию Кубенский или Кубенская, в большинстве случаев был выходцем с берегов Кубены или из одноименного села.

Суффикс -ск- указывает на принадлежность к местности или владение ею. В русской ономастике фамилии на -ский долгое время оставались прерогативой высшего сословия (князья Кубенские — реально существовавший угасший род Рюриковичей, владевший землями на Кубене) и духовенства (семинарские фамилии). Однако к XIX веку эта модель распространилась шире: крестьяне, переезжавшие в города или записывавшиеся в мещанство, нередко получали фамилию по месту прежнего жительства. Так что носительница фамилии Кубенская могла быть потомком как знатного рода, так и просто семьи, перебравшейся из-под Вологды в другую губернию.

Написание с окончанием -ая (а не -ой) — строго женская форма. Мужской вариант — Кубенский. В дореволюционных документах фамилия могла фиксироваться с вариациями: Кубенской, Кубенская, но корень оставался неизменным. Интересно, что в отличие от многих «географических» фамилий, Кубенская почти не имеет омонимов и не путается с другими корнями (например, с «кубом» или «кубком»). Единственная возможная путаница — с фамилией Кубенин, образованной от прозвища, но здесь связь с местностью гораздо прозрачнее.

С точки зрения этимологии, название Кубена, скорее всего, финно-угорского происхождения (от вепсского или коми-зырянского корня со значением «глубокое место» или «залив»). Это неудивительно для Русского Севера, где славянские поселенцы сталкивались с местной топонимикой. Так что в фамилии Кубенская сплелись и древняя дославянская география, и русская сословная история, и простая логика: «откуда родом — так и назвали».