Фамилия Кубенов по своему строению — типичная русская фамилия на -ов, образованная от прозвища или имени Кубень. Вопрос в том, что скрывается за этой основой. Самая прямая и географически привязанная версия — связь с Кубенским озером на Вологодчине. В старину выходца с тех мест, с реки Кубены или из села Кубенского, могли прозвать Кубеня — по месту жительства. Такая модель типична для северорусских фамилий, где топонимические прозвища легко переходили в родовые имена.

Менее очевидный, но возможный вариант — отчество от неканонического имени Кубень, которое могло быть производным от древнерусского «куба» — большая кадка, мера сыпучих тел. Прозвище Кубень могли дать коренастому, плотному человеку или торговцу, имевшему дело с этой мерой. В пользу этой версии говорят старые записи: в новгородских писцовых книгах XVI века встречается крестьянин Кубень, а на Вологодчине отмечена фамилия Кубенины, явно однокоренная.

Третья, более редкая гипотеза — связь с тюркским корнем «куб» (светлый, бледный) или монгольским «кубэн» (поэт, певец), но она маловероятна для русской фамилии с суффиксом -ов без дополнительных маркеров. Фонетика и ареал бытования (Север, Вологодчина) уверенно указывают на славянскую основу.

Что касается сословия: носители фамилии Кубенов в дореволюционной России фиксировались в основном среди крестьян и мещан северных губерний. Дворянских родов с такой фамилией в родословных книгах не значится. Таким образом, предки современного Кубенова с высокой вероятностью — крестьяне или посадские люди из вологодского или архангельского края, прозванные по озеру или по своему облику.