Фамилия Кубенева — женская форма, а мужская, Кубенев, образована по типичной для русского севера модели: основа плюс суффикс -ев. Здесь важно не спутать с фамилиями на -ов: суффикс -ев пишется после мягких согласных и шипящих, а также после ц. Основа же — Кубен- — ведет к гидрониму или топониму, а не к личному имени.

Самое прямое объяснение: река Кубена, левый приток Кубенского озера в Вологодской области. Озеро, в свою очередь, получило имя от реки. Человек, живший на Кубене или пришедший с Кубенских берегов, получал прозвище Кубеня или Кубенец. Отчество от такого прозвища и закрепилось как фамилия. Таким образом, предок носительницы фамилии Кубенева был, скорее всего, выходцем с Русского Севера, из района между Вологдой и озером, где с XV века известны Кубенские волости.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с древнерусским некалендарным именем или прозвищем Кубень. В диалектах «кубень» — это нечто округлое, выпуклое, иногда так называли деревянную посуду или улей. Но в ономастике В. Никонова и С. Веселовского нет прямых упоминаний личного имени Кубень, тогда как топонимическая версия подкреплена массой фамилий по названиям рек (Москвин, Волгин, Печорин).

Фамилия редкая, недворянская. Встречается преимущественно в северных и центральных областях России — в Вологодской, Архангельской, Кировской, а также в Москве за счет миграций. Писцовые книги XVI–XVII веков фиксируют крестьян и посадских людей с прозвищами от Кубенского озера, но в боярских списках Кубеневы не значатся. Сословно — крестьянство и мещанство, типичный случай «географической» фамилии человека, привязанного к месту жительства.