Фамилия Кубенский почти наверняка происходит от топонима — названия озера, реки или населённого пункта. Самый известный объект с таким именем — Кубенское озеро на Вологодчине, одно из крупнейших в регионе. Рядом с ним стоит село Кубенское, а в прошлом существовало и Кубенское княжество — небольшой удел в составе Ростово-Суздальской земли. Таким образом, основная версия: предок носителя фамилии был выходцем с берегов Ку́бены (так озеро называют в народе) или из одноимённого села.

Модель образования здесь прозрачна: суффикс -ск- указывает на принадлежность к месту или происхождение оттуда. По той же схеме сложились фамилии Ростовский, Тверской, Угличский. В отличие от фамилий на -ов/-ин, которые часто давали по отцу или прозвищу, фамилии на -ский в России исторически были более характерны для дворянства и духовенства. Кубенские могли быть потомками служилых людей, получивших землю в тех краях, или священниками, которых записывали по месту службы.

Есть и более редкая, но возможная версия: связь с рекой Кубанью. В старых говорах и документах встречается форма «Кубенский» как вариант прилагательного от «Кубань». Однако это спорно: обычно выходцев с Кубани называли Кубанцевыми или Кубанскими. География фамилии тоже склоняет к вологодскому следу: в переписях XVII–XVIII веков Кубенские чаще всего фиксировались именно на Русском Севере, в окрестностях Вологды.

Что касается сословного статуса, то Кубенские не были только дворянами. В метрических книгах XIX века встречаются крестьяне и мещане с этой фамилией в Вологодской и Архангельской губерниях. Дворянский род Кубенских действительно существовал, но угас довольно рано, и большинство носителей фамилии к XX веку относились к податным сословиям.

Фамилия редкая, но не исчезающая. Её главная отличительная черта — чёткая географическая привязка, которая сохранилась даже после отмены крепостного права: Кубенские по-прежнему чаще встречаются на севере европейской части России, чем где-либо ещё.