Фамилия Кубенин — одна из тех, что образована не от имени, а от прозвища, и корень её, скорее всего, связан с ёмкостью. В основе лежит слово «кубень» или «кубеня». В русских говорах так называли деревянную посуду, ковш, кадушку или меру сыпучих тел. Человек, получивший такое прозвище, мог быть бондарем (мастером по деревянной таре), торговцем, отмерявшим товар «кубнями», или просто обладателем крупной, полной фигуры — в переносном смысле «кубня» означала толстяка, увальня.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Кубенин — «сын Кубени» или «человек из семьи Кубени». Это типичная модель русских фамилий XVI–XVII веков, когда прозвище отца переходило к детям без изменений. В отличие от фамилий на -ов (Кубенев), форма на -ин здесь закрепилась, возможно, из-за окончания основы на мягкий согласный или из-за диалектного произношения.

Интересная деталь: фамилия имеет географический оттенок. Существует озеро Кубенское на Вологодчине, а также старинный городок Кубена (ныне село в Вологодской области). Однако напрямую связывать Кубенина с местом рождения рискованно: топоним «Кубена» сам произошёл от того же корня (финно-угорское «куба» — яма, углубление), и прозвище могло возникнуть независимо от географии. Тем не менее, носители фамилии чаще всего встречаются в северных и центральных регионах России — там, где слово «кубеня» бытовало в речи.

По сословной принадлежности Кубенины — почти наверняка крестьяне или посадские люди. В документах XVII–XVIII веков фамилия нередко фиксируется среди черносошных крестьян (государственных, не помещичьих) из-под Вологды и Костромы. Дворянских родов с такой фамилией в «Бархатной книге» или «Общем гербовнике» не значится, что подтверждает её простонародное происхождение.

Сегодня фамилия редкая, но не исчезающая. Её носители разбросаны по стране, и каждый, кто носит Кубенина, может с равной вероятностью вести род от бондаря, торговца или просто коренастого мужика из северной деревни.