Фамилия Кубенова — женская форма фамилии Кубенов. В основе, скорее всего, лежит географическое название. Самый вероятный источник — озеро Кубенское в Вологодской области, одно из крупнейших в регионе. От названия озера образовано прилагательное «кубенский», а от него — прозвище или неофициальное именование человека, который жил на берегах Кубенского озера или происходил оттуда. Такие «топонимические» фамилии нередки: человека, переселившегося в другой уезд, земляки называли по месту прежнего жительства — Кубенский, Кубенов.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с диалектным словом «кубень» или «кубеня». В некоторых русских говорах так называли неуклюжего, неповоротливого человека или, наоборот, того, кто «кубится» — сутулится, горбится. В этом случае фамилия образована от прозвища Кубеня по той же модели: Кубеня → Кубенин → Кубенов (с утратой суффикса -ин в некоторых говорах). Однако топонимическое объяснение выглядит убедительнее: озеро Кубенское — известный и значимый объект, а слово «кубень» встречается редко и локально.

Фамилия Кубенов (и Кубенова) — довольно редкая. Её география, если судить по открытым данным, тяготеет к северным и центральным областям России, что косвенно подтверждает версию о происхождении от Кубенского озера. Встречается она и у осетин, но там её природа иная: это русифицированная форма осетинской фамилии, восходящей к имени Кубен (Куыбен) — скорее всего, тюркского или иранского корня. Для русской фамилии Кубенова основной и наиболее правдоподобной остаётся «вологодская» версия: предок носительницы этой фамилии когда-то жил на берегах Кубенского озера.