Фамилия Кубенёв — одна из тех, где за простым звучанием скрывается сразу несколько возможных историй, и выбрать единственную непросто. Разберёмся по порядку.

Самая прямая версия связывает фамилию с географическим названием — озером Кубенское в Вологодской области. Река Кубена, впадающая в него, и сам топоним «Кубена» могли дать прозвище человеку, который жил на этих берегах или был оттуда родом. В этом случае основа «Кубен» — это усечённая форма от «Кубенский», а суффикс «-ёв» указывает на принадлежность: «сын Кубена». Подобная модель типична для русских фамилий, образованных от названий рек и озёр (например, Волгин, Ильин).

Однако есть и другая, не менее правдоподобная версия — от древнерусского нецерковного имени Кубеня. В старину на Руси были популярны имена-прозвища, часто образованные от глаголов. «Кубенить» в некоторых говорах означало «гнуть, мять, мять» или, в переносном смысле, «упрямиться, капризничать». Человек с таким прозвищем мог получить его за характер — неуступчивый или склонный к спорам. Суффикс «-ёв» в этом случае работает стандартно: Кубень → Кубенёв, то есть «потомок Кубеня».

Стоит упомянуть и менее очевидный вариант — прозвище от слова «кубень» в значении «большой деревянный ковш» или «мера сыпучих тел». Такое прозвище могли дать бондарю, изготовлявшему ковши, или продавцу, отмерявшему товар кубенями. Но эта версия слабее: слово «кубень» в таком значении встречается редко и локально.

С точки зрения словообразования фамилия Кубенёв стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Копенёв, Куденёв, Пенёв. Ударение в ней всегда падает на последний слог — Кубенёв, что характерно для фамилий с суффиксом «-ёв», где «ё» под ударением.

Что касается географии, фамилия встречается в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской, Архангельской и Кировской. Это косвенно подтверждает первую версию — связь с Кубенским озером. Сословный состав носителей фамилии был пёстрым: среди Кубенёвых встречались и крестьяне, и купцы, и священники, так что однозначно отнести её к какому-то одному слою нельзя.

Итог: скорее всего, ваш предок либо жил на берегах Кубены, либо носил прозвище Кубеня за свой нрав. Оба пути ведут к одной фамилии, и без генеалогического исследования сказать точнее невозможно.