Фамилия Кубенина — женская форма, а её мужской вариант — Кубенин. В основе, скорее всего, лежит не имя, а прозвище или географическое название. Самый прямой путь к разгадке — слово «кубень». В северных говорах, особенно в архангельских и вологодских, кубенем называли объёмистую корзину, кузов, а также неуклюжего, неповоротливого человека. Человек, делавший такие корзины или получивший прозвище за медлительность, мог стать Кубеней, а его потомки — Кубениными.

Вторая версия, не менее весомая, выводит фамилию от гидронима — реки Кубены. Это левый приток Сухоны, протекающий по Вологодской области. В этих краях стоит и село Кубенское, и озеро Кубенское. Фамилии, образованные от названий рек и озёр по принципу «живущий на Кубене», — обычное дело для Русского Севера. В таком случае предок носителя фамилии был выходцем с берегов Кубены, и его прозвали Кубеня, то есть «кубенский».

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Кубенин, то есть сын или потомок Кубени. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а, -я. Фамилия редкая, её очаг — Вологодская и соседние области. Встречается также вариант Кубенинов, где суффикс -ов добавлен к той же основе, что говорит о колебаниях в народной записи фамилии. Спор между «речной» и «прозвищной» версией неразрешим без знания конкретной семейной истории, но обе указывают на северное, вологодско-архангельское происхождение рода.